这部灾难影片背景以现代日本为中心，主要描写东京突然被一股莫名的浓雾所笼罩，整个都会好像一下子消失了似的，各地政府及科研人员因此极为震惊，急忙组织起来研究对策。但是人们却无法穿越浓雾进入东京首都圈。

有230万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级5超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……

面积占东京都西部1/3、人口超过230万、八成以上由学生组成的学园都市，尖端科技发展迅速，超能力开发已经深入到城市的各个角落。超能力水平高达Level5的御坂美琴（佐藤利奈配音）如往常一样和初春饰利（丰崎爱生配音）、白井黑子（新井里美配音）等好友过着平凡的日子，间或热血爆发挫败各种扰乱城市的阴谋。某天，在调查一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美配音），从而得知用美琴的DNA大批量复制超能力者的“量产型能力者计划”。不安定的气氛在都市角落肆意蔓延……本片为镰池和马（原作）、冬川基（作画）

讲述天生带电的刘雷（吴建豪饰）在一次意外中失控，使自己的父亲丧生火海，同时失去了带电能力。刘雷备受打击，从此封闭内心，直到一个同样带电的小孩小宝（刘厶铭饰）的出现，使刘雷终于恢复了电能。此时，一支黑暗