《暗号》讲述川崎市发生连发爆炸事件。恐怖分子在街头安置了多枚炸弹，威胁政府释放政治犯。协助安全部队和消防队员的是“侦探事务所5”的侦探们。市长委托事务所设法拆除炸弹。侦探507是破解密码的天才。他一个接一个地解开了密码，阻止了爆炸，恐怖分子集团被逮捕归案。507收到了上海支部转来的委托，他被照片上从未见过的序列暗号迷住了。急欲一探密码全貌的507来到上海。等待他的是侦探523和会长。会长表示，507虽然擅解密码，但并不精于破案，因此特来支持，其实他还暗怀着其它目的。在情报贩子的帮助下，507来到一家夜总会

21世纪的韩国，高科技网络犯罪愈演愈烈，虚拟搜查队应运而生。搜查1队队长金宇炫（苏志燮饰）带领下属柳江美（李妍熙饰）、李泰均等人不分昼夜坚守在工作前线，成为打击犯罪的核心力量。一天他们追查到头号黑客哈迪斯所在方位，赶赴现场后却目睹被卷入性接待丑闻的女演员申孝静坠楼身亡。申孝静之死引发舆论哗然，种种证据指向哈迪斯便是凶手。但当金宇炫在地铁站追捕到哈迪斯时，震惊发现其真实身份竟是自己昔日警校的同窗好友、而今的独立记者朴奇永（崔丹尼尔饰）。朴奇永更是向他坦白自己被利用的事实，两人遂约定分别在明处和暗处调查真凶。