该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。

中医世家艾真堂堂主夫妇双双遇难，留下女儿秦芝艾继续行医救人，意外救治了不死傀孟宗竹。孟宗竹身怀秘密来到医馆调查云诗夫妇死因，利用不死傀身份控制小医仙成为她的主人。从此二人一起行走江湖悬壶济世，还卷入了一系列朝堂纷争。最终云诗夫妇死因真相大白，秦芝艾也凭借高超的医术成功救治了皇帝，成为御赐“小医仙儿”。