大儒傅青主精于医道，受故人之托回乡为友妻苏烟症病，却不料这是场针对他的局。傅青主以医者仁心的态度治好知府夫人及苏烟之症，舍去自身声名救出好友及苏烟，将傅青主妇科传与苏烟，要她传承华夏医术。

公元一六四三年，满清入关取缔政权，为求控制大局，严禁士子结社集会，不许百姓练武，到处搜捕武林高手，反抗者格杀勿论，令天下大乱。隐居天山山脉一带的剑术高手傅青主、张煌言、武元英往寻天山名宿晦明禅师商