公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。

　　师师倾慕师兄飞赫，二人研制“十全傀儡人”时飞赫失踪，傀儡人也消失不见。师师在城主府邂逅一男，肩上有飞赫专属图案，可惜未见其容。携带图案的是飞赫所造的十全傀儡。后被权臣姜相邦利用，代替真城主姬夜辰统