本季描绘重返医院的牧野医生与升入初中的学生们的新篇章。藤野一希难以适应中学生活，父亲突然带回新母亲与妹妹更令其家庭归属感崩塌；而顺利完成心脏病手术的冴岛直明升入新年级，虽立志成为牧野医生般的医者，

某天，时隔10年回到日本的少年一希东，突然遭到武装男子们的袭击，并被囚禁起来。而救出了东的人，是青梅竹马的少女朝吹黄金，以及有着右手形态、拥有意志的武器“舞武器”。知道了“舞武器”的存在，以及自身